以西学、东学、中学为支点，打破分科治学的局限，不以变化为进化，不以现在为现代，从多学科的角度，用不分科的观念方法，全面探究近代以来中国的概念、思想、学科、制度转型的全过程和各层面，沟通古今中外，解析西学与东学对于认识中国历史文化的格义附会，重建中国自己的话语系统和条理脉络，深入认识中华民族新的智能生成运作机制形成的进程、状态和局限，认识世界一体化进程中东亚文明的别样性及其对人类发展提供多样选择的价值，争取和保持对于世界文明发展日显重要的中国历史文化解释的主动和主导地位。
在认定西学是放之四海而皆准的普世之学的时趋下，由分科教学培养起来的一代又一代新人，所使用的语言概念、知识系统与前人全然不同，他们自以为可以和世界沟通，却越来越失去理解自己先人言行的能力。他们只能透过西洋镜的色彩和曲折，来审视本国的历史文化。这样的理解，无疑包含着多少的误解和曲解。

学务处与学政孰优孰劣