以西学、东学、中学为支点，打破分科治学的局限，不以变化为进化，不以现在为现代，从多学科的角度，用不分科的观念方法，全面探究近代以来中国的概念、思想、学科、制度转型的全过程和各层面，沟通古今中外，解析西学与东学对于认识中国历史文化的格义附会，重建中国自己的话语系统和条理脉络，深入认识中华民族新的智能生成运作机制形成的进程、状态和局限，认识世界一体化进程中东亚文明的别样性及其对人类发展提供多样选择的价值，争取和保持对于世界文明发展日显重要的中国历史文化解释的主动和主导地位。近代学术的清学纠结，折射出整个近代中国在中外文化冲突融合的缠绕中遭遇的困境。透过目前的习以为常，依稀可见曾经阵痛的脱胎换骨。在此过程中，看似兼收并蓄，其实外来学说的输入不免表浅变形，本来民族的地位则多有流失。

当时的“制度”及其问题