天命所归与追击北元
朱元璋称帝之后，仍然面对诸多不稳定因素，他将主要的精力放在了陆地之上，对海洋相对忽视，采取了一系列被后世称为海禁的政策。在明初的地缘格局中，北元仍保持了相当大的力量，朝鲜在明廷与北元之间左右摇摆，辽东还有相当部分北元势力。而朱元璋与北元之间，涉及正统之争，双方关系不可调和；经过不断用兵，朱元璋最终消除了北元的威胁。至朱棣时期，天下稳定，一度曾有帖木儿的威胁，但因其突然去世，而未引发两个大帝国的战争，朱棣得以将部分力量投到海外。
“太祖以聪明神武之资，抱济世安民之志，乘时应运，豪杰景从，戡乱摧强，十五载而成帝业。崛起布衣，奄奠海宇，西汉以后所未有也。”在元末大乱之中，群雄割据，朱元璋能迅速崛起，混一天下，在于他能审时度势，有高超的战略眼光。在天下争霸战中，朱元璋心中有着强烈的天命意识，他希望当世及后世，将他开创的王朝视为正统王朝，为此他特意承认元朝得天下的合法性，而政权转移到他手中，乃是天意。
在至正十六年三月，朱元璋夺取集庆路，得军民五十余万。短短四年间，昔日的放牛娃、穷僧人，便雄霸一方；朱元璋很是自信，他改集庆路为应天府，表明自己是顺应天意，乃天选之人。此时的朱元璋并没有急于称王，而是奉龙凤政权为正朔，高筑墙、广积粮、缓称王。朱元璋虽占据要地，可周边群雄虎视，形势险峻。张士诚、陈友谅各占东西，虎视眈眈，不时冲突；方国珍虽无雄心，只求自保，可拥有的水师却能在江海上来去自如，出没无常。朱元璋奉龙凤政权为正朔，可龙凤政权忙于争夺中原，又被大江所隔，难以给予朱元璋支持。
朱元璋稳扎稳打，既未急于称王，也未图谋两淮中原，而是往浙东各郡发展。此时元廷在两淮、中原与红巾军激烈交战，局势复杂，朱元璋现有力量尚不足以北上争雄。陈友谅控制江西，与浙东接壤，浙西各地已尽归张士诚。浙东地盘一时空虚，朱元璋把握机会，迅速出兵攻略，占据浙东之后，足以与张士诚、陈友谅相争。
与朱元璋相比，张士诚、陈友谅就显得有些急迫。在天下争霸中战略混乱，张士诚过于保守，陈友谅则太过躁急。至正十四年，张士诚刚形成势力，就迫不及待地称王，国号“大周”，此后安于现状，不思进取。陈友谅背叛徐寿辉，于至正十九年自称汉王，又逼反明玉珍，根基不稳，却咄咄逼人，四处出击。方国珍拥有强大水师，只想坐保浙东，做个太平富家翁。
至正十九年，朱元璋势力控制诸暨、婺州、处州等地，迫使方国珍来降。至正二十年，朱元璋面临最大挑战。此年陈友谅领大军来攻，以舟师猛攻太平，朱元璋养子朱文逊战死，花云、王鼎、许瑗等将领被俘杀。陈友谅在采石矶自称皇帝，国号汉，约张士诚共攻应天。陈友谅大军由采石矶顺江而下，应天震撼。陈友谅大军至龙湾，朱元璋出兵，水陆合击，大获全胜。陈友谅败走，朱元璋乘胜复太平，取安庆。此战取胜，使战略天平倾向朱元璋，在天下争霸战中，占据主动，更威慑张士诚。
至正二十一年，朱元璋遣使，与在中原的察罕帖木儿通好。利用察罕帖木儿无暇南下之机，朱元璋率领大军，溯江而上，与陈友谅进行决战。得知朱元璋全军西进后，张士诚乘机出动，挥兵攻打长兴。耿炳文守长兴数月，内外断绝，却能坚持下来。至十一月，常遇春率援兵赶到，大破张士诚军。
南方激战之时，北方也发生巨变。至正二十二年六月，善战的察罕帖木儿被刺杀，由养子扩廓帖木儿接掌其军。扩廓帖木儿，本姓王，小字保保。朱元璋坐镇一方之后，对于经略中原的察罕帖木儿敬畏有加，遣使通好。至扩廓帖木儿掌军之后，又遣使联系。
至正二十三年四月，陈友谅发兵，号称六十万，蔽江东下，进攻洪都。朱元璋领兵二十万救援。八月，两军在鄱阳湖进行决战，陈友谅中流矢死，全军溃败。此战始于四月，终于八月，双方精锐尽出，水陆并举，火石兼施，战况激烈。战后朱元璋改洪都府为南昌府，虽大获全胜，也损失惨重。
当双方激战正酣时，朱元璋最忧虑的就是张士诚来攻，特意命徐达先回应天坐镇，不想张士诚竟然没有出兵，放过了这绝好机会。陈友谅彪悍绝伦，出没飘忽，有虎视中原、鲸吞海内之志，每遇大困不气馁，屡遭挫败而势复振。当元末之际，群雄割据，朱元璋劲敌，唯陈友谅一人。陈友谅一去，放眼天下，能为朱元璋对手的，只有扩廓帖木儿、张士诚了。击败陈友谅后，东南已无人能挑战朱元璋，此时他方才称王。
至正二十四年正月，朱元璋自立为吴王，观时而动，以图中原。此年朱元璋纵论天下，河北有孛罗帖木儿，河南有扩廓帖木儿，关中有李思齐、张良弼。河北有兵无纪律，河南稍有纪律而兵不振，关中道路不通，军饷匮乏，都不是大患，江南则有朱元璋与张士诚，二龙相争，必有一战。
至正二十六年八月，朱元璋命徐达、常遇春率军二十万，进攻张士诚。十一月，在攻下湖州之后，徐达、常遇春领兵北攻平江。张士诚在平江布防多年，战至至正二十七年六月，吴军仍未攻下平江。张士诚被围日久，乃在六月领精锐由阊门出城突围，被吴军击溃。至九月，徐达攻下平江，俘获张士诚。围攻平江之战，前后凡二百七十八日。张士诚被送到应天后，自缢而死。
朱元璋争霸天下的过程中，论兵势之强，首推陈友谅，论财富之厚，则惟张士诚。张士诚所控地域，有江南之富，两淮之雄，奈何张士诚缺乏雄才大略，畏首畏尾，只图自保。当朱元璋在鄱阳湖苦战之时，张士诚没有任何举动，最终被剪灭。后日高岱评价张士诚：“虽不识天命，知顺逆，然亦豪杰士哉。”攻克平江之后，朱元璋仰望北方，意气风发，欲混一宇内，平定中原。此时的北方，元廷陷入自相残杀之中，扩廓帖木儿与李思齐、张思道、孔兴、脱列伯等实力派将领彼此厮杀。
元至正二十七年八月，元朝皇太子爱猷识理达腊奉诏总领天下兵马，设立大抚军院，名义上是统一军事力量，实际上是对付扩廓帖木儿。扩廓帖木儿不听诏令，不交兵权。十月，朱元璋令大将军徐达、副将军常遇春，挥师二十五万北伐中原。
在此之前，朱元璋的征伐，都是与各地地方势力交战。虽然陈友谅、张士诚都曾称王称帝，却非正统。作为中国正统王朝核心区域的中原，此时仍被元朝所占。而元朝由外族而来，入主中原后，在汉人大臣辅佐之下，顺应中原王朝惯例，适应儒家文化，建立天下秩序。在很多汉人知识分子眼中，元朝方是正统王朝，红巾军等被视为反贼。
朱元璋要建立一个新的王朝，就必须击垮元朝，确立政权的合法性。朱元璋发布《谕中原檄》，也是对即将开创的一个新的正统王朝的宣告。朱元璋甚至在檄文中肯定，元之得国，乃是天意：“自宋祚倾移，元以北狄入主中国，四海以内，罔不臣服，此岂人力，实乃天授。”
就在朱元璋发布《谕中原檄》时，元顺帝下诏，削夺扩廓帖木儿官爵，令李思齐、秃鲁等率兵围剿扩廓帖木儿。在元廷看来，扩廓帖木儿才是心腹大患，而不是步步紧逼的朱元璋。元廷内有清醒的大臣，再三提醒元顺帝父子，审其轻重强弱，改弦更张，不能再打压、分离扩廓帖木儿势力，奈何未被采纳。
元至正二十八年正月，朱元璋即皇帝位，定国号大明，建元洪武。朱元璋称帝，他自认为是天意所在，是正统王朝的轮替。此年正月，在祭祀天地的祝文中，他向天下宣告：“惟我中国人民之君，自宋运告终，帝命真人于沙漠，入中国，为天下主。其君父子及孙百有余年，今运亦终。”
七月二十八日，明军克通州，打开了大都的南大门。通州失守当日，元顺帝召集三宫后妃、皇太子、皇太子妃同议“避兵北行”。夜半，元顺帝偕后妃、太子仓皇出逃，由居庸关奔往上都。在紧要关头，闰七月，元廷撤销大抚军院，恢复扩廓帖木儿官爵，希望他能挽回败局。
洪武元年八月初二，明军攻陷大都。
退到塞外之后，北元实力尚存，“引弓之士，不下百万众，归附之部落，不下数千里也”。陕甘有扩廓帖木儿、失喇罕两支大军，辽东有刘益、高家奴、也先不花和纳哈出，云南还有梁王，兵力不可谓不雄厚。元顺帝北逃之后，继续以元朝廷名义，号令各部，试图反攻。朱元璋对北元很是忧虑，“忧在漠北，意未一日释也”。
洪武三年，元顺帝在应昌病卒，爱猷识理答腊即位，是为元昭宗。利用北元内部新君即位的纷乱，明军发动持续攻击，一路自潼关出西安，捣定西，以取扩廓帖木儿；一路出居庸关，入沙漠，追击元主。
徐达所率西路军于沈儿峪大败扩廓帖木儿，俘获北元将士八万余人，扩廓帖木儿由宁夏渡黄河，逃往和林。东路军大获全胜，俘虏元昭宗之子及诸王家属等，元昭宗北走和林。此次进击，东西两路明军取胜，长城以南，云南之北，再无北元军。
北元虽退出长城，仍有相当军力，辽东纳哈出统率二十多万大军，云南梁王拥十万大军，吐鲁番、赤斤、哈密等地也有部分军力。退至和林后，元昭宗卧薪尝胆，以扩廓帖木儿为中书右丞，提拔了一批能臣，重设军政机构，改元“宣光”，效法周宣王、汉光武帝，以示光复大元之志。元昭宗一扫颓势，让各地北元残余势力士气大振，就连已附明的一些势力也蠢蠢欲动。
为一举击溃北元，洪武五年，朱元璋命征北大将军徐达出中路，左副将军李文忠出东路，右副将军冯胜出西路，三道并进，以靖沙漠。五月，扩廓帖木儿与其部骁将贺宗哲，在岭北击败徐达，明军死伤数万，战略意图失败。
此番挫败，使朱元璋一直宣称的天命所归、正统所在，遭到沉重打击，他不得不暂停主动出击的战略，采取了守陆御敌战略。洪武五年的失利，也使明廷意识到难以短期内清除北元，转而除其羽翼，在西北、东北两线，挤压北元势力。在东北，明廷设置定辽都卫指挥使司，增加兵力，修整城防，经营辽东。在西北，明廷大力经营陇右、河西，在各战略要地设卫，增强防御。
洪武八年扩廓帖木儿在哈剌那海去世。后世史家慕少堂先生盛赞扩廓帖木儿：“守正不挠，得天地正气，始终不肯降明，则又元之文天祥也。”北元宣光八年，元昭宗死，脱古思帖木儿即位，第二年改元“天元”。
元昭宗死后，朱元璋遣使吊祭，亲写祭文，强调了天命所在及王朝更替：“生死废兴，非一时之偶然，乃天地之定数。……曩者，君主沙漠，朕主中国。君与群臣乃固执不移，致边警数兴。今闻君殡于沙漠，朕用恻然。特遣人致吊，奠以牲醴，以享尔灵，尔其鉴之。”朱元璋指出，“君主沙漠，朕主中原”，乃是天意，中原是天下之主，沙漠之主则为藩属。沙漠之主若是臣服中原，则可被纳入朝贡体系，延续统治，但若屡屡兴兵，则是违背天意，必遭天谴。
然而，朱元璋的正统性，只有彻底击溃北元，在战场上获胜才能得到确证。朱元璋运筹帷幄，集中兵力，力求除掉北元羽翼。
洪武十四年，朱元璋遣傅友德、沐英等率兵三十万南征，经过两年经营，平定云南。洪武二十年春，朱元璋命冯胜、傅友德、蓝玉等，统兵二十万征辽东，纳哈出投降。
洪武二十年，各路巨魁陆续被灭或被驱逐，云南、辽东被明廷收复，能征善战的扩廓帖木儿及一心中兴的元昭宗早已去世，整个战略格局都利于明廷。此年朱元璋以蓝玉为征虏大将军，再次北征。临行前，朱元璋鼓励诸将“肃清沙漠，在此一举”。受天气转寒影响，至次年三月方才北伐。双方主力于捕鱼儿海附近交战，北元大败。
此次北元汗廷在捕鱼儿海被击溃之后，蒙古各部分裂，鞑靼、瓦剌等部割据一方，北元不再成为心腹大患。朱元璋的正统合法性，此时毋庸置疑。朱元璋对天命所归、王朝的正统性何其看重，这关乎历史评价，这关乎生前身后名。在去世之前，他仍然念念不忘，重申他的天命所归及正统性：“朕西定荆楚，东平吴越，北抚华夏，为众所推戴，定鼎金陵，国号大明，改元洪武，三十年于兹，朕寿亦七十矣。静而思之，非皇天眷命，安得居天位若是之久哉？”
朱元璋身后，蒙古各部纷争不已，有的向明纳贡称臣，有的则前来投降，有的则出兵骚扰边关，北部边疆，仍是明廷需要持续面对的棘手难题。朱棣迁都北京后，又五次亲征，试图解决草原部落对中原的威胁，只是此时草原各部，已不是关系国本、关系王朝正统性的紧要问题了。