朝贡体系中的异类——日本
在明廷所构建的朝贡秩序中，日本是不折不扣的异类。在与明廷的交往中，日本保持平等姿态，乃至敢于挑战明廷，这是明廷所不能接受的。双方虽存在分歧，但明廷希望日本能打击倭寇，日本则希望经过贸易获得各类商品，由此双方开展了勘合贸易。嘉靖二年，日本大内氏与细川氏使团在宁波爆发冲突，斩杀中国军民颇多。此后中国与日本的勘合贸易渐渐终止，对日贸易被中国海商集团所垄断。中国海商集团与日本倭寇合流，又获得了葡萄牙人的犀利武器，形成了猖獗一时的“嘉靖大倭寇”，给中国沿海各地带来了巨大冲击。
在明廷的朝贡体系中，以与日本的关系最为复杂，最为棘手。大明初创之后，将主要精力放在对付北元残余势力上，对沿海无暇多顾。对于频频骚扰中国沿海各地的倭寇，朱元璋希望通过外交手段来解决。
倭寇持续不断地骚扰明廷，陷入南北朝对峙中的日本，却希望与明廷进行贸易。明廷则希望通过朝贡贸易，扩大明廷影响，稳定海疆，遂出现了倭寇不断骚扰中国沿海，中日两国却保持朝贡关系的奇特状态。朱元璋虽被日本方面的傲慢无礼给刺激，多次发怒，但日本远在海外，不易用兵，所以还是没有兴兵讨伐。
洪武二十年，因为胡惟庸“通倭”，朱元璋“怒日本特甚，决意绝之，专以防海为务”。到了建文四年，日本足利义满主动来华朝贡。建文帝此时困于内政，虽不欲往来，但以其表文恭顺，赐给锦绮二十匹。
永乐元年八月，朱棣特命左通政赵居任、行人张洪出使日本。足利义满遣天龙寺僧人坚中圭密为使，入明朝贡。在宁波府时查出，日本贡使船上私带刀枪，而明廷规定“凡番使入中国，不得私载兵器刀槊之类鬻于民”。朱棣大度地表示，不必追究，以示朝廷宽大之意，将刀剑由明廷出钱买下。
十月，日使坚中圭密抵达南京。朱棣厚礼之，赏赐颇丰。朱棣下令：“诏日本十年一贡，人止二百，船止二艘，不得携军器，违者以寇论。”但实际上日本来华朝贡船队的船只、人数，远不止于此数。
永乐四年正月，根据明廷的要求，足利义满尽歼对马、壹岐等岛倭寇，献所俘倭寇魁首。朱棣派使者带玺书褒谕足利义满，赐白金千两等物，封其国之富士山曰“寿安镇国之山”，亲制御文立碑其地。此年明廷赐给日本“本”字勘合一百道及“日”字底簿一册，用于朝贡贸易。永乐六年，足利义满死后，朱棣派使团去悼念，赐谥号“恭献”。
永乐九年，受日本国内政局变动的影响，朝贡暂停。永乐十五年十月，倭寇侵袭浙江松门、金乡、平阳一带，明军俘获数十名倭寇。朱棣认为“威之以刑，不若怀之以德”，派刑部员外郎吕渊将被俘倭寇送还日本，并谴责足利义持纵民为盗。
永乐十六年夏四月，吕渊自日本返回，足利义持遣使奉表同来谢罪。朱棣既往不咎，特恕其罪，许其朝贡。不想到了次年，倭寇大规模入侵辽东，中日之间的朝贡告终。永乐十七年，朝鲜遣使密报明廷，倭寇将大规模侵犯辽东，朱棣命辽东总兵官刘江加强防范。六月十四日傍晚，瞭望哨报告，东南王家岛上有火光显现。刘江判断倭寇将要来进犯，当即调兵遣将，应对来袭。当时金州卫驻有步军一千七百五十六名，屯田军两千零二十名，其余煎盐军、炒铁军近百人。第二天凌晨，倭寇一千五百余人，乘船三十一艘，从马坨子出发到登沙河海口，弃舟登岸。倭寇登岸后，在望海埚遭到早有准备的明军打击，伤亡惨重，狼狈逃窜。望海埚之战，倭寇所受损失，大体是千余人和十余艘船。此后很久没有倭寇在中国沿海活动，可见其损失之大。
明初倭寇，主要来自对马岛、壹岐岛、平户岛三地，朝鲜史籍称之为“三岛倭寇”。倭寇没有稳固的基地，也没有牢固的组织与目标，在组织人手后，各自对中国、朝鲜等地发起小规模的骚扰。朝鲜世宗元年六月二十日，在已经退位的太宗李芳远主持下，三军都体察使李从茂率军登上对马岛，剿灭倭寇二百余人。七月初三，朝鲜撤兵，返回巨济岛。
望海埚之战后，朱棣不再谋求与日本接触，朝贡贸易中断，直到宣德八年才恢复。宣德八年，足利义教遣使龙室道渊等奉表，贡马及铠甲、盔刀等方物。宣德帝亲自接见龙室道渊，赏赐丰厚，“授以僧录司右觉仪之职”。宣德帝还派出近六百人的回访使团，分乘五艘船，载满货物，携带国书及勘合，前往日本。永乐朝定下日本朝贡规制，日本每十年一贡，人员二百，船二艘。到了宣德朝则定下，日本每十年一贡，人员三百，船三艘。
宣德九年六月初，中国使团抵达日本京都。足利义教第二次遣出使团，来华朝贡。宣德十年冬，日本使团来华，共有船六艘，贡马及方物。此时新帝英宗朱祁镇登基，也未理会日本违背十年一贡、船三艘、人只三百的决定，反而颁赐新的正统勘合，要求日本交回宣德勘合。
景泰二年十一月，幕府派出以东洋允澎为正使的朝贡贸易团，船队共九艘船，成员近千人，规模浩大，是中日朝贡贸易的巅峰。明廷一直是高价收购日本货物，可货物激增，明廷也吃不消。如景泰四年，日本船只一次运来硫黄三十六万斤，刀剑一万把，苏木十一万斤，铜十五万斤。如果参照宣德八年赐例给价，其铜钱总值二十一万七千七百三十二贯一百文。
此时北方蒙古各部也忙着前来朝贡，朝廷财政吃紧，只好重新议价。礼部议定，苏木不分大小俱给银七分，硫黄不分生熟俱五分，生红铜六分，刀剑今每把给钞六贯。虽在朝贡物品的价格上有争议，但在朝贡体系之下，日本还是与明廷保持着接触。
此期间，日本国内战乱不断，幕府与各地大名为了开辟财源，遂将明廷颁发的勘合卖给商人牟利。正德朝以后，商人缴纳银钱一千贯及关节费后，获得勘合一道，即可来华贸易。但勘合多被大内氏与细川氏所控制，双方爆发冲突。
日本对中国商品有着巨大需求，特别是在上层社会中，离不开中国的丝绸、书籍、瓷器乃至铜钱。成化四年，将军足利义政在给成化帝的国书附件中云：“书籍、铜钱仰之上国，其来久矣。今求二物，伏希奏达，以满所欲。书目见于左方。永乐年间多给铜钱，近无此举，故公库索然，何以利民？钦待周急。”
成化四年，日本正使天竺清启率领三艘勘合船来贡，以宣德勘合和底簿换得成化新勘合和底簿。次年回国，天竺清启担心在濑户内海可能会遭到抢劫，特地改走南海路，不想还是遭到大内氏的袭击，成化新勘合和船货均被劫走。此后围绕勘合及来华贸易，在日本对峙的大内氏、细川氏不断冲突，乃至在中国宁波大打出手，爆发了宁波争贡事件。