也先入贡与土木之变
明廷所构建的朝贡秩序，一度稳定了海陆边疆，也带来了朝贡贸易的繁荣。也正是由朝贡贸易引发的纠纷，冲击了朝贡秩序，引发了土木之变与明英宗被俘。此后围绕朝贡贸易，明廷与草原部落多次爆发冲突，乃至出现了俺答汗兵临北京，临城胁贡。至隆庆朝，在明廷与俺答汗达成贸易协议后，与草原的冲突暂告终结。随着丰臣秀吉完成日本的统一，他也想建立一个以日本为中心的朝贡体系，为此引发了持续多年的壬辰战争，战后中日关系断绝，日本无法与华贸易。壬辰战争之后，日本控制琉球王国，此后数百年，琉球王国处于对中国、日本两属朝贡的特殊状态之中。
曾经雄霸天下、冲垮无数城池的蒙古铁骑，入主中原八十余年后，退回了草原。朱元璋时期，经过明廷对北元持续不断的打击，北元汗权被极大削弱，东西蒙古分为三大部，即鞑靼、瓦剌及兀良哈三卫。在各部之中，以东蒙古鞑靼部实力最强，由黄金家族直系后裔控制。西蒙古瓦剌部实力次之，兀良哈三卫又次之。
永乐元年，鞑靼权臣太师阿鲁台废掉坤帖木儿汗，立鬼力赤汗。鬼力赤多次与瓦剌作战，以争夺和林。永乐六年，鬼力赤汗再被废，本雅失里被立为汗。永乐朝，蒙古可汗本雅失里和太师阿鲁台实力最强，威胁最大。遵循分而治之的策略，明廷大力扶持瓦剌，双方建立了朝贡关系。
瓦剌首领猛哥帖木儿死后，瓦剌分裂为马哈木、太平、把秃孛罗三部，或是联合，或是单独，遣使至明廷朝贡。永乐七年，明廷册封马哈木为特进金紫光禄大夫顺宁王、太平为特进金紫光禄大夫贤义王、把秃孛罗为特进金紫光禄大夫安乐王，并赐印诰。
永乐十年五月，瓦剌用兵，击杀本雅失里。永乐十一年，面对瓦剌压力，阿鲁台遣使来朝，被明廷封为和宁王，双方在边境进行互市贸易。永乐十二年，明廷以朝贡不至为由，对瓦剌用兵。朱棣亲自率兵，北征瓦剌，一直打到土剌河边，迫使马哈木遣使谢罪。
马哈木死后，永乐十六年四月，明廷许可马哈木之子脱欢袭顺宁王爵。脱欢雄才大略，善于把握机会。永乐二十一年，阿鲁台与明廷的朝贡关系破裂，被明廷击败。脱欢乘机发兵，在饮马河击败阿鲁台，抢夺大量人口牲畜。脱欢统一瓦剌部，又联合兀良哈三卫，消灭了阿鲁台部，收其部众。脱欢实力虽强，却不是黄金家族后裔，遂立黄金家族后裔脱脱不花为可汗，又将女儿嫁给他。
明廷与蒙古各部建立朝贡关系，并规定了贡期、贡道和贡品。贡期根据亲疏关系而定，鞑靼部一年一贡或两贡，瓦剌部一年一贡，兀良哈三卫与明廷关系最为亲密，故而一年两贡。入贡时，鞑靼、瓦剌两部皆由大同入居庸，兀良哈三卫则由喜峰口入。
正统三年，脱欢去世，长子也先继承太师之位。也先强大之后，与明王朝保持朝贡关系，以交换丝绸、铁锅等物品。瓦剌部前来朝贡，初时只有数十人，之后增至数百人，再增至数千人，最多时达两三千人，携带各种货物前来贸易。瓦剌使团动辄两千余人，往来前后数月，其间明廷要提供大量牛羊、酒水、米麦、鸡鹅、花果等物，不计其数，花费巨大。如正统六年，瓦剌使团两千四百人，在大同府三十余日，消耗羊五千余只。大批瓦剌人来朝贡，明廷也是叫苦不堪。正统七年正月，明英宗朱祁镇劝说蒙古各部，今后可汗及太师遣使不可过多，每次一二百人即可，如此双方都方便，可也先哪里肯听。
正统十年十二月，瓦剌派使臣皮儿马黑麻朝贡，“贡马八百匹、青鼠皮十三万张、银鼠皮一万六千张、貂鼠皮二百张。上以其过多，命马收其良者，青、银鼠皮各收一万，惟貂鼠皮全收之，余悉令其使者自鬻。”
正统十一年正月，明英宗朱祁镇命马云、马青为正使，赍敕书、财帛等物，往赐脱脱不花可汗及太师也先等。马云、马青一路西行，取道大同出塞，直奔也先大营而去。在也先营中，马云、马青饮酒大醉，许也先细乐妓女，又许与中国结亲。这二人本是酒话，不想也先当了真，还送了好马作为聘礼。
正统十三年十月，也先遣送两千余人驱赶了大量马匹，浩浩荡荡往北京来贡。此番也先使团到了京师，住进会同馆。各处使团来京朝贡，领取赏赐后，可在会同馆开市三日或五日，但朝鲜、琉球不受限制。
也先使臣入京后，在会同馆出售马、兽皮等物品，购买铁锅、丝绸等物资。会同馆每隔五天，根据人员多少，向光禄寺申领酒、肉、油、酱、盐、茶叶等物，用以招待。会同馆向礼部汇报，其使团进京共三千人，进献良马三千二百余匹，貂鼠皮、青鼠皮、银鼠皮一万五千余张。礼部仔细查点之后，发现使团人数只有一千四百余人，虚报了一千六百多人，据此礼部只给使团赏赐了一千四百余人的礼物。
草原使团进贡，所贡马分为四个等级，由明廷分别予以赏赐，等于是折价买下，所赏赐的主要是绸缎、纱绢等。王振不喜也先使团，身边心腹便出了个主意，将赏赐的绸缎、纱绢，一剪刀下去，一匹分为两匹。待赏赐发下来后，也先使团发现所得绸缎之类，明显比往年少了一半，心中大为恼恨。至购买铁锅时，又发现铁锅价格暴涨，更为不满。
朝贡贸易中，进贡的贡品只是小部分，称“正贡”。各部首领、使团使臣会携带各类货物，入京进行贸易，其数量往往是正贡的十余倍乃至更多，称为“附进货物”。过了正月，会同馆开贡市五日，附进货物进行贸易。也先使团携带的货物以皮类为主，如狐皮、羊皮、狼皮、豹皮、猞猁皮之类。因为去年卖了高价，今年使团特意运来了大批皮子。交易时，京师内外的商人，均可到会同馆进行贸易。使团来时，带了瓦剌部贵族的大批私货，包括也先交付的皮子，希望能卖出高价。不想此年，兀良哈、女真等部也带来了大量皮子，一时间，京师的皮子数量暴增，价格跌了一半。此番明廷下令不准冒领“廪饩”，礼部又将运来贸易的马匹价格减去五分之四，结果也先所得，仅为奏请的五分之一。
也先正指望着这次贸易，带回各类急需的日用品。不想明廷此番没有大度地赏赐，双方又未曾达成和亲，也先怒了。正统十四年七月初八，瓦剌太师也先兵分四路，对大明发动攻势。也先亲自率领所部，进攻大同，阿剌知院率部进犯宣府，围攻赤城。脱脱不花可汗率所部及兀良哈三卫，进攻辽东，另遣一支人马，进攻甘州。
七月十五日，中元节当日，明英宗朱祁镇决定御驾亲征。十六日，朱祁镇统率官军二十余万人，从德胜门出。八月初二，朱祁镇领全军驻扎大同。至大同后，朱祁镇召集镇守太监郭敬及镇守诸将到行辕，商讨下一步北进事宜。此时朱祁镇方才得知，前军西宁侯宋瑛、武进伯朱冕，已全军覆没。朱祁镇闻言大惊，当即对群臣宣布，将班师回京。初十，明军到达宣府，十一日，到达宣府东南，十二日，到达雷家站，十三日，也先大军追来。
朱祁镇带了大军，在八月十四日狼狈逃至土木堡。抵达土木堡时，已是下午，此时距离怀来，不过二十余里。八月十五日，也先全军至土木堡，将缺水的明军合围。极度干渴之下，明军一度想冲出抢水，可看着也先铺天盖地的骑兵，明军顿时失了胆气，不敢动弹。中午过后，瓦剌军全线撤退，明军阵前突然有瓦剌人骑马举白旗，过来求见。也先使者表示，也先已退兵，希望与明廷交好，朱祁镇闻言自然是大喜过望。待也先使者一走，王振判断，有机会可以甩脱也先大军，传令全军移营南行。从土木堡出来，行不到三里，也先纵兵来追。瓦剌军此前二日休整充沛，兵强马壮，呼啸着冲杀过来。明军人数虽多，却无丝毫战意。在一片混乱之中，王振被随军将领樊忠所杀，朱祁镇被俘。土木堡之役，明军溃败，死者数十万。
土木之变前，朱祁镇执政的十四年间，蒙古各部朝贡约三十次。除正统五年、七年、十一年，每年朝贡一次外，其他各年，每年都要朝贡两次或两次以上。蒙古各部尝到了朝贡贸易的甜头，不断增加入京的人数，从最初的十余人，增加到几十人再到一两千人。蒙古各部使团频频来贡，对明廷来说乃是巨大的负担。
故而在正统十四年，明廷减少给予也先使团的赏赐。又因为此前明廷所遣使者马云、马青，擅自许诺也先“与中国结亲”，结果却不成，导致也先颜面大失。而此时的也先，正是实力最为强劲之时，故而领军入寇。也先不曾想到，起兵之后，势如破竹。而朱祁镇年轻气盛，一怒轻征，又被也先轻易击溃。
也先虽击溃明廷大军，也自知实力不足以彻底击溃明廷，重建元室。在俘获明英宗朱祁镇后，也先先后遣使六次，试图与明廷建立联系，遣回朱祁镇。明廷对与也先联系、迎回朱祁镇，态度冷淡。景泰元年，朱祁钰遣杨善出使也先部。杨善自作主张，甚至没有付出任何赎金，就将朱祁镇迎回。
景泰元年八月初八，也先大会诸部，杀牛设筵，作乐吹唱，与其妻及众头目依次进酒，送明太上皇朱祁镇返回京师。八月十五日，明代宗朱祁钰于东安门迎接太上皇。新帝朱祁钰快刀斩乱麻，将朱祁镇送入南宫，作为太上皇供养。
土木之变，并未动摇朝贡体系。土木之变后，瓦剌遣送的使团，每次仍有两三千人，携带上万马匹入京。在景泰一朝，短短几年间，就有二十五个朝贡使团前来。如景泰元年十月，也先遣两千五百人来朝，贡马驼四千四百匹，貂鼠皮、银鼠皮五百张，赐宴及财帛等物有差。蒙古各部频繁来贡，导致明廷财力吃紧；景泰六年四月，迤北王子麻儿可儿遣使进贡马驼，礼部建议减其赏例，景泰帝朱祁钰却认为：“胡虏艰难，姑从旧例赏之，以慰其心。”
景泰二年，也先打败大汗脱脱不花，脱脱不花出逃之后被杀。景泰四年夏，也先决定称汗，自称“大元田盛大可汗”，年号添元。十月，遣使至明朝，宣告登基，并表达了两家交好的愿望。也先的崛起与称汗，打破了草原上原有的秩序，即只有黄金家族、成吉思汗后裔方可称汗的正统观念。此后纷争不断，拘泥于传统观念者，不满也先坐大者，雄心勃勃的臣下，纷纷发起挑战。
景泰五年，瓦剌右翼阿剌知院举兵，也先战败被杀。瓦剌部分裂之后，喀喇沁部领主孛来趁机而起，击杀阿剌知院。当初脱脱不花汗被杀后，留下二子，长子摩伦台吉，次子马可古儿吉思。景泰五年，孛来立马可古儿吉思为可汗，此即明代文献记录中常见的小王子。明代蒙古部，先后出现了三个小王子，马可古儿吉思乃是第一个。
景泰七年正月十四日，朱祁钰的病情加重，已无法上朝。十六日当夜，石亨、张靰、曹吉祥、杨善、徐有贞等密谋，斩开东华门，至南宫请出朱祁镇。正月十七日，朱祁镇登基。朱祁镇南宫复辟后，蒙古实力人物孛来，立刻遣使来贡。天顺年间，蒙古各部与明廷的来往更为密切，如天顺七年时，各部先后朝贡五次。
成化元年，孛来杀马可古儿吉思，摩伦被立为汗。成化二年，翁牛特部首领毛里孩王杀死摩伦汗，此后汗位空达十年，蒙古各部陷入混战之中。在血腥厮杀中，黄金家族的后裔，还有一支偷偷留存了下来，这就是也先的亲外孙。在脱脱不花、也先二人的“蜜月期”内，也先将女儿齐齐克嫁给了脱脱不花之弟阿噶巴尔济之子哈尔固楚克为妻。
哈尔固楚克被也先所杀时，其妻齐齐克已怀胎七月，此后生下巴延孟克。成化十年，巴延孟克的儿子巴图蒙克出生，即后来的达延汗。成化十二年，巴延孟克在内讧中被杀，儿子巴图蒙克只有三岁。
蒙古各部内讧厮杀不断，是故成化、弘治年间，蒙古各部虽保持朝贡，但次数、规模都不及往昔。此期间瓦剌部势衰，鞑靼部崛起，蒙古各部分分合合，彼此厮杀。至达延汗统一蒙古各部后，朝贡贸易的规模开始扩大，弘治十一年二月，达延汗遣使臣六千人入贡。明廷许可两千人入关，其中五百人可以入京。朝贡贸易对于明廷乃是沉重负担，到了弘治朝后期，随着双方关系的逐渐恶化，与草原各部的朝贡贸易告终，又引发了新的冲突。