以寇制夷：料罗湾海战
郑芝龙此番再次胜出，称霸海上，就连荷兰人对他也敬畏有加。荷兰凭借着强大的火器和先进的造船技术，在全球范围之内推动自由贸易，扫除商业扩张的障碍，试图建立全球海洋贸易的霸权。郑芝龙的崛起，得到了荷兰人的大力支持。荷兰人扶持郑芝龙，唯一的目标就是：推动自由贸易，扫除商业障碍。当郑芝龙不能满足荷兰人的期待时，双方的矛盾必然爆发。
在击败李魁奇之后，初期郑芝龙尚能依约定进行贸易，双方船只互不侵扰。郑芝龙对荷兰人的让步，却让他的弟弟郑芝虎不满。郑芝虎虎视眈眈，想要对荷兰人下手。1631年2月，福建官方告知荷兰人，必须退出厦门。荷兰派到台湾地区的代表普特曼斯很不满意，想要越过郑芝龙，直接用武力取得对华贸易。3月17日，普特曼斯在致巴达维亚总督的书信中认为：“总之，想取得自由的交易是没有希望了，除非我们肯受约束，或动用武力去取得。”
受滨田弥兵卫事件的影响，荷兰人被驱逐出日本，葡萄牙将对日贸易得来的白银用来在厦门抢购生丝。荷兰人没法去日本贸易，生丝又被葡萄牙人抢走，当即干起了老本行，在海上抢劫葡萄牙、西班牙商船。抢劫时，荷兰人将一艘属于郑芝龙的商船给抢了，郑芝龙大怒，随即令荷兰人离开厦门。荷兰人虽想动武，可此前多年以武力未曾达成自由贸易，此时再动武未必就能得偿所愿，荷兰东印度公司一时举棋不定。
荷兰人暂停攻击海上中国商船，遣使去找郑芝龙谈判，但双方谈判陷入僵局。此前郑芝龙曾经许诺，将分期补偿荷兰人损失的一艘快艇，此时也不了了之。双方各有顾忌，在彼此接触试探之中，继续进行着贸易。1632年，日本许可荷兰人前去贸易。荷兰人当即遣出船只，满载货物，前去日本。为了获得贸易所需的生丝，荷兰人不得不对郑芝龙让步，双方暂时维持了和平关系。
崇祯五年二月，熊文灿因招抚郑芝龙、剿灭海盗有功，升任兵部侍郎兼右佥都御史，总理两广军务，兼广东巡抚。新任福建巡抚邹维琏反对海外贸易，“不许更谈‘互市’之两字”，对荷兰人极为厌恶，认为荷兰人“深目长鼻，赤须朱发，其性贼虐，尚仇杀，诸夷畏之”。邹维琏对郑芝龙与荷兰人来往密切大为不满，严厉指责郑芝龙，逼迫其“与夷绝”。
在官场上遭到压力之时，郑芝龙又面临着刘香海盗集团的挑战。刘香，漳州海澄人。五短身材，性格骁勇，勾引无赖，驾小船出金门，劫掠商船，杀伤官军，横行粤东碣石、南澳一带。1628年，刘香随同李魁奇一起出走，后支持李魁奇，与郑芝龙作战，战败后逃跑。李魁奇、钟斌被消灭之后，余部投奔了刘香，使其实力暴涨，可与郑芝龙争雄。崇祯五年12月4日，郑芝龙与刘香的舰队在福州爆发海战，双方厮杀惨烈，刘香战败之后，退走广东。逃往广东沿海的刘香，聚集了各股海上势力，是郑芝龙的大患，郑芝龙主动遣水师入广东海面，将刘香击败。
崇祯六年，在邹维琏的压力下，郑芝龙对荷兰人表示，已无法关照荷兰人的生意。此时的荷兰人，通过对日贸易赚取了大量白银，迫切希望取得生丝等货物。而安平古堡已修筑完毕，荷兰人在台湾地区有了稳固的军事基地，于是准备动用武力，维持贸易。
3月份时，郑芝龙派人来大员，告知明廷许可每年八艘船前来大员贸易，但双方均需纳税，且荷兰人还要承诺此后不再至中国沿海贸易。荷兰人认为：首先，此承诺并不可靠，在此前的一些年份，郑芝龙多次开出空头支票，最后都未兑现；其次，大员不同于澳门，并不需要纳税。荷兰人回复，如果不能达成贸易，将动用军舰前往中国沿海。
在东亚，荷兰人扶持了郑芝龙、李魁奇、钟斌、刘香等集团，又将其一个个抛弃。郑芝龙对荷兰人了解颇深，他不断地给予荷兰人诱人的贸易承诺，最后从来没有兑现。在不断地许诺中，郑芝龙崛起壮大，而荷兰人距离贸易的目标越来越远。此番荷兰人再无耐心与郑芝龙纠缠，决心动用武力。
7月12日，普特曼斯突然亲率由八艘战船组成的荷兰舰队，杀入厦门，不宣而战。荷兰舰队闯入厦门时，恰逢退潮，从南方吹起微风。荷兰船只升起太子旗，驶入港道，闯到郑芝龙的舰队中间抛锚停泊，降下太子旗，升起发动攻击信号的红旗，发动炮击。其他船只也更换旗帜，一起猛烈炮击港内的郑芝龙船只。郑芝龙船队被打了个措手不及，船上人员纷纷逃跑。
在突袭成功之后，荷兰人减小火力，将所有小船遣了出去，烧毁泊在下风向与低潮处的船只，并将泊在上风向的船只凿沉。此战荷兰人一共击毁了大约二十五到三十艘大战船，这些战船装备完善，架有十六门、二十门、三十六门大炮，此外还击毁了二十到二十五艘小战船。郑芝龙使用的船只，配备的火炮，都不输给荷兰人。荷兰人曾自述：“在这个国家，以前从未有人像郑一官一样，按我们荷兰模式建造庞大精致、装备精良的帆船及舰队，他还在船上装配了一部分能被拖动、带有环栓、置于双层甲板的大炮。”此番荷兰人突袭，将郑芝龙的主力舰只击沉多艘，使其损失惨重。
据明朝官方记录：“一时艨艟巨舰，出我不意，乘潮冲突，风漂一日数百里，倏而南澳，倏而中左，焚舟毁器，海壖骚动。”战后荷兰人在厦门抢掠，主要目标是木材、大炮等，大炮可以武装战舰，而木材可以建造及修补船只。可中方早有准备，连夜将木材、大炮等运走。在厦门的中方官员告诫荷兰人，不得登岛抢劫，作为补偿，可以通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及其附近各岛的人，送二十五头牛、二十五头猪、一百只鸡来荷兰船上。
在厦门周边，荷兰人上岸时，不时被中国军民偷袭，遭到一定损失。在海面上，荷兰人四处劫掠商船，获得大量物资，用来进行贸易。其时郑芝龙正在福州“平寇”，闻讯赶回，巡抚邹维琏调兵攻击，荷兰人撤出了厦门。
厦门突袭后，荷兰人彻底放弃了郑芝龙，转而寻求与刘香合作。刘香在确定荷兰人与郑芝龙决裂后，站在了荷兰人一边。8月31日，荷兰人联合刘香，进攻东山岛。9月18日，双方联合舰队与郑芝龙舰队进行试探交火，并未爆发大战。荷兰人与刘香在共同行动中，不断试探，增加彼此的信任，共同对付郑芝龙。
10月14日，联合舰队出发前往厦门。为作战时便于区分，刘香手下每艘船都挂上了一面有荷兰东印度公司标志的蓝色旌旗。面对武力强大的荷兰人，郑芝龙也从明廷获得了支持。福建巡抚邹维琏“檄调诸将，大集舟师”，扬言“誓以一身拼死当夷”，欲图剿灭荷兰人。明军前锋为五虎游击郑芝龙，右翼为泉南游击张永产，左翼为南路副总高应岳，游兵为澎湖游击王尚忠，中军则为参将邓枢等。
10月19日，荷兰人抵达料罗湾的当天，即收到郑芝龙的宣战书。10月22日，荷兰东印度公司与中国海盗刘香组成的联合舰队，与郑芝龙、明军水师联合舰队，在金门料罗湾爆发大规模海战。双方战力为：荷兰人八艘战船，刘香约有五十艘船只；郑芝龙有五十艘大型战船，一百余艘中小型战船。
战前，荷兰人、刘香就得知，郑芝龙将采用火攻，并准备了大量火船。荷兰人的对策是，用船只火力上的优势，将火船击沉。为了应对大概率会发生的接舷战，荷兰人还决定，必要时放弃部分军舰，集中兵力与敌方白刃战。如果遭到火船攻击，则将人员转移到小船上，贴近敌人作战。
郑芝龙与明军水师从围头湾出击，此时刮起东北风，处于上风位置。郑芝龙水师分为两队，第一路利用顺风绕到敌方侧后，另一路则贴近作战。战事开始后，郑芝龙水师中的几艘快船，迅速冲近一艘荷兰战舰，用铁钩钩上尾部，纵火焚船。
另一艘荷兰战舰被四艘郑芝龙船只包围，郑氏水兵丝毫不畏惧荷兰人的大炮、火枪，接舷之后跳上去肉搏交战。郑氏水兵士气高涨，荷兰人将其描述为“疯狂、激烈、荒诞、暴怒”。“两次把那些中国人打出船外，但最后还是被接着跳进来的人数众多的中国人所击破，而被他们夺去了。”
其他荷兰船只见战事失利，刘香又未来增援，当即逃往外海。开战后，刘香率领的战船毫无战意，并未参与战斗，见荷兰人战败后，当即逃跑。战后刘香对荷兰东印度公司声称，因为强风受阻，离开战场。战后福建巡抚邹维琏奏报称：“计生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，焚夷夹板巨舰五只，夺夷夹板巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只。”实际上荷兰人战船被焚毁一艘，被俘一艘，一百余名荷兰人被俘，中方奏报有吹嘘成分，但此战乃是大胜。
在退回大员途中，荷兰船队在澎湖停留，商讨之后认为，现在军力薄弱，暂时不宜对中国发动军事行动。通过此战，荷兰人认识到明廷的军事实力，依靠一支舰队难以给大明以重创，靠武力更无法实现自由贸易的目标。此后一段时日，荷兰人的精力耗费在清剿台湾岛本土居民上，郑芝龙则忙于追杀刘香。
战后刘香与荷兰人的联盟破裂，刘香率部众夜袭大员，被荷兰人击退。此后在郑芝龙的分化瓦解之下，刘香属下众叛亲离，他则逃往广东沿海。在广东沿海，刘香被郑芝龙所部包围，无法逃脱，于是点燃火药，自爆而死。
刘香一死，中国沿海各股势力基本上被肃清，郑芝龙开始真正称霸中国东南沿海。随着郑芝龙的崛起，原先从月港出发的船只，改为从安海出发。安海、大员的兴起，随之而来的是月港的没落，澳门、马尼拉的萧条。荷兰人只能接受现实，与郑芝龙进行贸易合作，承认其在整个东亚水域的主导权，此后郑芝龙占据海上贸易之利，成为海上霸主。
当郑芝龙与荷兰在海洋上进行激烈交锋时，明廷并未认识到海洋的重要性，又被北方持续的战事所困扰。此时的明廷，虽呈现出了虚弱的状态，却仍是东方最强大的力量。荷兰人不能通过外交手段获得通商许可，又无法以武力打开对华贸易的大门，徘徊于明廷之外，不甘退去。明廷对于逐利的外夷及走海贸易的中国海商，发自内心地厌恶，可此时明廷为获得大量的白银又无法离开海洋贸易。对郑芝龙的招安，亦可以视为明廷的一个折中处理：既然无法彻底剿灭海商，又要与外夷进行贸易，不如将海商招安，由其作为代理人，出面从事贸易，乃至可以克制外夷。此即“以寇制夷”，是朝廷一贯的权术了。于是，当将海洋交到名义上的代理人郑芝龙手上之后，明廷轻松地闭上了双眼，无视于外部的世界，继续沉溺于天朝大国的幻梦之中。
1624年，荷兰人占领台湾南部大员。1626年5月，西班牙驻菲律宾总督斯尔瓦派遣远征队，沿着台湾东海岸前进，占据鸡笼。1628年，西班牙控制淡水，1636年又放弃淡水。西班牙人占据鸡笼后，进行了大规模营建，作为对东亚贸易的基地。随着日本锁国政策的推行，西班牙对日贸易中断，对中国贸易也无法改善，在鸡笼进退维谷时，1642年8月，荷兰大举攻击鸡笼，将西班牙人驱逐，独占台湾。1662年，民族英雄郑成功驱逐荷兰殖民者收复台湾。