帝国海盗
无论在西方还是在东方，最令热衷贸易的荷兰人头疼的，仍然是海盗问题。
继倭寇海盗组织溃解之后，李旦、颜思齐和郑芝龙等新海盗集团又崛起于东亚海域。颜思齐的海盗集团野心勃勃，一度试图发动叛乱，征服日本。在天启四年起兵倒幕失败后，颜思齐逃往台湾，被称为“开台王”。颜思齐的旧部郑芝龙随后在日本平户崛起，成为海盗集团的新首领。
郑芝龙堪称17世纪前半期纵横东南亚的传奇人物，他懂葡萄牙语和荷兰语，信奉天主教，还给荷兰人做过翻译。他不仅打着荷兰东印度公司的旗号在海上劫掠，还全部使用欧洲的舰船和装备，“其船器则皆制自外番，艨艟高大坚致，入水不没，遇礁不破，器械犀利，铳炮一发，数十里当之立碎”。
崇祯初年的官方报告称：“郑芝龙之初起也，不过数十船耳，至丙寅而有一百二十只，丁卯遂至七百。今并诸种贼计之，船且千矣。”
天启七年，基于共同的秩序和利益，明朝水师联合昔日的对手荷兰舰队，一起围剿这个海盗集团。
令人惊奇的是，荷兰舰队和明朝水师几乎全军覆没。荷兰舰队“司令到达该处后，遭受海贼火船猛烈攻击，只好率领维蕾德号、伊拉斯莫斯号，不发一炮，逃往爪哇”。
崇祯元年，明朝改变策略，采取招安模式，册封海盗首领郑芝龙为“海上游击”，并可以继续合法拥有自己的武装集团。
崇祯六年，荷兰商人普特曼斯率领13艘荷兰战舰从台湾岛出发，对南澳和厦门长途奔袭，重创明朝水师和郑芝龙舰队。台风季节过后，郑芝龙下战书，邀请荷兰海军决战。
到了约定日期，荷兰舰队联合另一个不肯接受招安的中国海盗刘香老舰队，与明朝海军在台湾海峡的金门料罗湾展开一场海上决战。
为了这次决战，郑芝龙在厦门造船厂专门仿造了一批荷兰式两层甲板战舰，每艘战舰装载了三十到三十六门重炮。可惜这些战舰在战前被荷兰人偷袭焚毁。不得已的情况下，郑芝龙只好拼凑了一批普通商船，以传统火攻术迎战。
荷兰人的《热兰遮城日记》记录了当时的战况：
官方舰队分成两队，约有140到150艘戎克船，其中约有50艘特别大的战船……他们分别向我们靠过来，有三艘同时钩住快艇Brorckerhaven号，其中一艘立刻点火燃烧起来……快艇Slooterdijck号被四艘戎克船钩住，他们跳进船来……我们率领Bredam号、Bleyswijck号、Zeeburch号、Wieringen号与Salm号费尽力气摆脱非常多的火船，向外逃去……因为这场战败，我们的力量已经衰弱到在中国沿海不能再有任何作为了。
据福建巡抚邹维琏奏报的战绩：
计生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，焚夷夹版巨舰五只，夺夷夹版巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只，夺盔甲、刀剑、罗经、海图等物皆有籍存。而前后铳死夷尸被夷拖去，未能割级者，累累难数，亦不敢叙。闽粤自来红夷以来，数十年间，此举创闻。
这场毫无悬念的海战中，中国海军完全以多胜少：荷兰仅有9艘战舰，且大多是轻型快艇，载炮不超过10门；相比之下，郑芝龙的闽粤水师有150艘“戎克船”，从数量上是荷兰舰队的十多倍。
最终荷兰海军战舰被击沉5艘，被俘获1艘，只好败归台湾。
六年后的崇祯十二年，荷兰中校朗必即里哥率9艘荷兰战舰卷土重来。郑芝龙遣人携带盛满火药的竹筒泅水攻击，一连焚毁5艘，荷兰再次完败。
海盗班底的明朝海军终于从荷兰人手中夺回了西太平洋海权。郑芝龙从此完全控制了台湾海峡的制海权，东南沿海商船“不得郑氏令旗，不能往来”。一面令旗售三千金，连“海上马车夫”的荷兰商船也不得不购买令旗，荷兰东印度公司不得不每年向郑芝龙缴纳2万法郎的保护费。
用欧阳泰先生的话说，当初，郑芝龙协助荷兰人把台湾这座岛屿发展为荷兰帝国“王冠上最美的一颗珍珠”，荷兰人则协助郑芝龙成为强大的海盗，而他也利用这个地位积攒了大笔财富，收入甚至超越了荷兰东印度公司。由于郑芝龙的财富与权势大致上都遗留给了他的儿子，因此也可以说，荷兰东印度公司其实协助造就了后来打败他们自己的人。
郑芝龙早年在日本时，曾娶妻田川松，并生下两个儿子：福松和田川七左卫门。福松7岁后来到中国，恢复中文名字“郑成功”。在其父郑芝龙护荫下，郑成功长大后，成为郑氏武装集团的新首领。他以厦门和金门为基地，逐渐发展成拥有18万军队和数千战舰的武装力量。
作为被永历皇帝赐姓的“国姓爷”，身负国恨家仇的郑成功对清政权进行了长达15年的抵抗战争，最终以失败而告终。其间，郑成功曾多次派人向日本借兵，最后一次，日本终于大举兵，结果在海中遭遇风暴，“舟不得前，乃回师”。
郑成功眼见大势已去，厦门和金门也恐将不保，不得不将眼光投向海峡那边的台湾。“本藩矢志恢复，切念中兴，恐孤岛之难居，故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时，非为贪恋海外，苟延安乐。”
恰在这时，翻译何斌带着台湾地图来投，极力劝说郑成功取台湾作为“根本之地”。何斌形容台湾说：
沃野千里，实霸王之区。若得此地，可以雄其国；使人耕种，可以足其食。上至鸡笼、淡水，硝磺有焉。且横绝大海，肆通外国，置船兴贩，桅舵、铜铁不忧乏用。移诸镇兵士眷口其间，十年生聚、十年教养，而国可富、兵可强，进取退守，真足与……抗衡也。