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R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化

R实战:系统发育树的数据集成操作及可视化

作者: 余光创

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已完结现代当代当代文学
目录 (154章)
倒序
正文
第1章 导入带有数据的树文件-1.1 系统发育树构建概述第1章 导入带有数据的树文件-1.2 系统发育树文件格式1.2.1 Newick树文件1.2.2 NEXUS格式1.2.3 NHX格式1.2.4 Jplace格式1.2.5 利用软件输出文件第1章 导入带有数据的树文件-1.3 使用treeio导入树及相关数据1.3.1 treeio简介1.3.2 treeio解析函数演示1.3.3 将其他树形对象转换为phylo对象或treedata对象1.3.4 从treedata对象中获取信息第1章 导入带有数据的树文件-1.4 总结第1章 导入带有数据的树文件-1.5 本章练习题第2章 操作含有关联数据的树-2.1 使用tidy接口操作树数据2.1.1 phylo对象2.1.2 treedata对象2.1.3 访问相关节点2.2.1 整合树数据2.2.2 将外部数据关联到系统发育树2.2.3 对分类单元进行分组第2章 操作含有关联数据的树-2.3 重新设定树的根节点第2章 操作含有关联数据的树-2.4 重新调整分支标尺2.5.1 删除系统发育树中的叶节点2.5.2 通过叶节点标签对树取子集2.5.3 通过内部节点编号对树取子集第2章 操作含有关联数据的树-2.6 操作树数据以进行可视化第2章 操作含有关联数据的树-2.7 总结第2章 操作含有关联数据的树-2.8 本章练习题第3章 导出含有数据的树-3.1 简介3.2.1 软件输出文件的导出与转换3.2.2 将树与外部数据结合3.2.3 合并不同来源的树数据第3章 导出含有数据的树-3.3 将树数据导出为jtree格式的文件第3章 导出含有数据的树-3.4 总结第3章 导出含有数据的树-3.5 本章练习题第4章 系统发育树可视化-4.1 简介第4章 系统发育树可视化-4.2 使用ggtree包对系统发育树进行可视化4.2.1 基本的系统发育树的可视化4.2.2 系统发育树的布局4.3.1 绘制树的标尺4.3.2 绘制内/外部节点4.3.3 绘制标签4.3.4 绘制根分支4.3.5 给树着色4.3.6 调整进化树标尺4.3.7 修改主题组件第4章 系统发育树可视化-4.4 对树列表进行可视化4.4.1 使用不同变量的值注释同一棵树4.4.2 密度树第4章 系统发育树可视化-4.5 总结第4章 系统发育树可视化-4.6 本章练习题第5章 系统发育树注释-5.1 使用图形语法对树进行可视化及注释5.2.1 彩色条带5.2.2 突出显示进化枝5.2.3 连接分类单元5.2.4 进化推论的不确定性第5章 系统发育树注释-5.3 使用进化软件输出结果注释树第5章 系统发育树注释-5.4 总结第5章 系统发育树注释-5.5 本章练习题第6章 系统发育树的可视化探索第6章 系统发育树的可视化探索-6.1 查看选定的进化枝第6章 系统发育树的可视化探索-6.2 缩小选定的进化枝第6章 系统发育树的可视化探索-6.3 折叠及展开进化枝第6章 系统发育树的可视化探索-6.4 对分类单元进行分组第6章 系统发育树的可视化探索-6.5 对系统发育树结构的探索第6章 系统发育树的可视化探索-6.6 总结第6章 系统发育树的可视化探索-6.7 本章练习题第7章 绘制含有数据的树第7章 绘制含有数据的树-7.1 将外部数据映射到树结构第7章 绘制含有数据的树-7.2 基于树的结构将图与树对齐第7章 绘制含有数据的树-7.3 对含有关联矩阵的树进行可视化第7章 绘制含有数据的树-7.5 复合图第7章 绘制含有数据的树-7.6 总结第7章 绘制含有数据的树-7.7 本章练习题第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.1 使用图像注释进化树第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.2 使用phylopic注释进化树第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.3 使用子图注释进化树8.3.1 使用柱状图进行注释8.3.2 使用饼图进行注释8.3.3 使用多种不同类型的图表进行注释第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.4 玩转phylomoji8.4.1 在环形布局或扇形布局的树中使用表情符号8.4.2 使用表情符号作为进化枝标签8.4.3 Apple彩色表情符号8.4.4 使用ASCIIArt呈现phylomoji第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.5 总结第8章 使用轮廓图和子图注释进化树-8.6 本章练习题第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.1 使用ggtree包绘制系统发育树对象9.1.1 phylo4对象和phylo4d对象9.1.2 phylog对象9.1.3 phyloseq对象第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.2 使用ggtree包绘制树状图第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.3 使用ggtree包绘制树形网络图第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.4 使用ggtree包绘制其他树形结构第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.5 总结第9章 对其他树形对象使用ggtree包-9.6 本章练习题第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.1 简介第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.2 基于树的结构将图与树对齐第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.3 在多维数据的可视化中将多个图与树对齐第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.4 群体遗传学示例第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.5 总结第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据-10.6 本章练习题第11章 其他ggtree扩展包第11章 其他ggtree扩展包-11.1 使用MicrobiotaProcess包进行分类学注释第11章 其他ggtree扩展包-11.2 使用tanggle包可视化系统发育网络图第11章 其他ggtree扩展包-11.3 总结第11章 其他ggtree扩展包-11.4 本章练习题12.1.1 facet_widths()函数12.1.2 facet_labeller()函数第12章 ggtree包中的实用工具-12.2 几何对象图层第12章 ggtree包中的实用工具-12.3 布局相关工具第12章 ggtree包中的实用工具-12.4 标尺相关工具12.4.1 扩大指定面板的x轴范围12.4.2 按一定比例扩大绘图边界12.5.1 筛选树数据12.5.2 展开嵌套的树数据12.6.2 在分类单元标签前添加填充字符第12章 ggtree包中的实用工具-12.7 交互式ggtree注释第12章 ggtree包中的实用工具-12.8 本章练习题第13章 可重复示例图库-13.2 以不同的符号点呈现自举值第13章 可重复示例图库-13.3 突出显示不同分组第13章 可重复示例图库-13.4 含有基因组位点结构信息的系统发育树附录A 常见问题-A.1 安装相关问题附录A 常见问题-A.2 R语言相关问题A.3.1 美学映射的继承A.3.2 切忌在美学映射中使用“$”A.4.1 叶节点标签被截断A.4.2 修改叶节点标签A.4.3 修改叶节点标签格式A.4.4 避免文本标签重叠A.4.5 Newick格式中的自举值A.5.1 绘制与plot.phylo()函数效果相同的树A.5.3 缩短外群长分支A.5.4 为树添加新的叶节点A.5.5 更改任意分支的颜色或线条类型A.5.6 在分支的任意位置添加符号点附录A 常见问题-A.6 为不同的分面面板设置不同的x轴标签附录A 常见问题-A.7 在树的底部图层绘制图形附录A 常见问题-A.8 扩大环形布局或扇形布局树的内部空间附录A 常见问题-A.9 使用离根最远的叶节点作为时间尺度树的原点附录A 常见问题-A.10 删除环形布局树的空白边距附录A 常见问题-A.11 编辑树图的细节附录B 相关工具-B.1 MircrobiotaProcess包:将物种分类表转换为treedata对象附录B 相关工具-B.2 rtol包:OpenTreeAPI的R接口附录B 相关工具-B.3 将ggtree对象转换为plotly对象附录B 相关工具-B.4 绘制漫画风格的系统发育树(类似xkcd)附录B 相关工具-B.5 绘制ASCIIArt形式的有根树附录B 相关工具-B.6 放大树的选定部分附录B 相关工具-B.7 在ggtree包中使用ggimage包的提示B.7.1 示例1:移除图像背景B.7.2 示例2:在背景图像上绘制树附录B 相关工具-B.8 在JupyterNotebook中运行ggtree包反侵权盗版声明
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